Il Museo iniziò nel 1904 come storia della pesca in sedi cittadine, per poi venir raccolto assieme a materiale dell'Istituto Nautico nel 1911 dapprima in via della Sanità 7 ( ora via Diaz) e poi in via dell'Annunziata 7 fino al 1968, quando trovò una sede nell'ex palazzina nata come lazzaretto san Carlo. Chiusa questa sede, il materiale fu trasportato in Porto Vecchio, Magazzino 26, dove compaiono ogni tanto esposizioni parziali,. che unite a quella del Lloyd andranno a confluire nella nuova sede prevista dall'architetto Consuegra.
l'attuale ingresso
La sede del Museo era l'antico Arsenale di artiglieria a Campo Marzio, in buona parte ridotto rispetto all'edificio originale. Trattasi comunque di edificio settecentesco, nato dapprima come Lazzaretto e poi trasformato dai francesi in arsenale di artiglieria
Sulla facciata ospita, restaurata, una interessante meridiana
All'esterno, un pezzo dell'Elettra di Marconi
