Sul pavimento dell'odierno presbiterio sono segnate le tracce dell'abside del Trecento, demolita nel 1843, che univa le due chiese ed era decorata dall'Incoronazione della Vergine dei pittori friulani Antonio Baietto (1386-1452) e Domenico Lu Domine ( 1390-1447)

Dell'abside distrutta nel 1843 si trovano tracce in disegni:

in particolare la testa del Cristo è conservata:

e questa è un'immagine dell'abside in stile neoclassico nel 1843

Nel 1928 decisero di rifare l'abside nelle dimensioni originali e di sostituire il rifacimento neoclassico con un più vicino allo stile originario, finalisti furono Cadorin, vincitore del concorso , e Guido Marussig. I bozzetti del Marussig furono acquisiti dai civici musei

ma vincitore fu giudicato il progetto di Cadorin, ritenuto più tradizionale, con il mosaico dell'incoronazione della Vergine e, sull'arco frontale la scritta che era la dedica dei triestini ineggianti alla vittoria ecc. ecc.

Negli anni Cinquanta, sempre nell'ottica di riportare allo stile più severo medievale, venne modificata la cappella del Santissimo inviando l'altare barocco in altre chiese e modificando la parte inferiore con un rifacimento di Marcello Mascherini. A terra le tombe degli ultimi vescovi di Trieste, Santin e Bellomi.

(La parte de soto xe moderna, anni 50, el tabernacolo xe de Mascherini e per terra, se andè vizin, troverè le tombe dei ultimi vescovi de Trieste, Santin e Bellomi.)

nella quale occasione venne aggiunta un'acquasantiera del medesimo scultore raffigurante san Giusto