Sul pavimento dell'odierno presbiterio sono segnate le tracce dell'abside del Trecento, demolita nel 1843, che univa le due chiese ed era decorata dall'Incoronazione della Vergine dei pittori friulani Antonio Baietto (1386-1452) e Domenico Lu Domine ( 1390-1447)

Dell'abside distrutta nel 1843 si trovano tracce in disegni, esposti ma non sempre visibili, nelle sale de Castello:

in particolare la testa del Cristo è conservata:

e questa è un'immagine dell'abside in stile neoclassico nel 1843

Com'era nell'ottocento il sacello di san Giusto:

in basso c'era il paliotto dono di Massimiliano, ora al sartorio

e sopra la statua di san Giusto, ora nella navata, di fianco

Nel 1928 decisero di rifare l'abside nelle dimensioni originali e di sostituire il rifacimento neoclassico con uno più vicino allo stile originario; finalisti furono Cadorin, vincitore del concorso , e Guido Marussig. I bozzetti del Marussig furono acquisiti dai civici musei e sono attualmente in parte esposti al Castello

ma vincitore fu giudicato il progetto di Cadorin, ritenuto più tradizionale, con il mosaico dell'incoronazione della Vergine e, sull'arco frontale la scritta che era la dedica dei triestini inneggianti alla vittoria ecc. ecc.

Anche i girali negli archi sono novecenteschi, opera del pittore Lucano, ispirati ad opere rinascimentali

Negli anni Cinquanta, sempre nell'ottica di riportare allo stile più severo medievale, venne modificata la cappella del Santissimo inviando l'altare barocco veneziano alla chiesa di Barcola e modificando la parte inferiore con un rifacimento di Marcello Mascherini per dar più evidenza al mosaico sovrastante la parte bassa è decorata a mosaico con tasselli di calcare di stalattite carsica. A terra le tombe degli ultimi vescovi di Trieste, Santin e Bellomi. Un tempo ospitava le tombe dei Vescovi triestini fino a meta ottocento, le cui pietre tombali sono allineate all'esterno.

nella quale occasione venne aggiunta presso l'ingresso un'acquasantiera del medesimo scultore raffigurante san Giusto